W 2008 r. na terenie dawnej grupy warownej utworzono rezerwat o powierzchni 17,83 ha. Jego celem jest ochrona czwartego co do wielkości w Polsce zimowiska nietoperzy. Zwierzęta przebywają w podziemnym kompleksie od września do końca kwietnia. Szacuje się, że w podziemnej części Grupy Warownej Góra Szubieniczna bytuje 700-900 nietoperzy, wśród których żyją cztery gatunki podlegające ochronie prawnej: nocek duży, nocek Natterera, nocek rudy, gacek brunatny. Sporadycznie widywany jest również nocek Bechsteina. W części nadziemnej rezerwatu ochronie podlega 38 gatunków mszaków porastających ruiny fortyfikacji.