Podobnie jak w Nadarzycach do 1945 r. w Sypniewie były dwie świątynie: katolicka i ewangelicka, jednak ta druga została rozebrana. Obecna budowla kościoła powstała w 1836 r., o czym świadczy m.in. data na metalowej chorągiewce wieńczącej wieżę. Świątynię wybudowano w stylu późnego klasycyzmu. Na dziedzińcu kościelnym znajduje się zabytkowy pomnik św. Józefa i współczesny monument upamiętniający Jana Pawła II.
Najcenniejszą wartość zabytkową ma oryginalny wystrój kościoła, którego najważniejsze elementy – późnobarokowe ołtarze – główny i boczne – pochodziły z początku XVIII w. Zwracają uwagę malowidła sufitowe, ambona i feretrony. W 1867 r. do Sypniewa przeniesiono siedemnastowieczny ołtarz z klasztoru klarysek w Bydgoszczy. W 1946 r. władze kościelne zdecydowały o powrocie tego wyjątkowego zabytku do Bydgoszczy. Pochodzenie obecnego ołtarza nie jest znane.
